與本屬最接近的類群為劍齒魚屬Anotopterus與帆蜥魚科Alepisauridae並共同屬於帆蜥魚亞目Alepisauroidei.
柱蜥魚屬Sudis因為骨骼，牙齒及仔稚魚的發育過程與其他裸蜥魚科的成員有許多差異[2]，因此有些學者將其獨立成一科Sudidae[3]但大多數學者還是維持原分類關係。
裸蜥魚科可以分成 1.鱗片分布全身與 2.鱗片只分布於側線這兩個群：
第一類群包含 Arctozenus + Magnisudis + Paralepis + Notolepis
第二類群包含 Dolichosudis + Lestidiops + Lestidium + Lestrolepis + Macroparalepis + Stemonosudis + Uncisudis
魣蜥魚科其下12個屬，如下:
北極魣鱈屬(Arctozenus)
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北極魣鱈(Arctozenus risso)
長蜥魚屬(Dolichosudis)
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幾內亞長蜥魚(Dolichosudis fuliginosa)
盜目魚屬(海盜魚屬)(Lestidiops)
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安芬盜目魚(Lestidiops affinis)：又稱海盜魚。
低鰭盜目魚(Lestidiops bathyopteryx)
卡氏盜目魚(Lestidiops cadenati)
盜目魚(Lestidiops distans)
兇猛盜目魚(Lestidiops extrema)
細身盜目魚(Lestidiops gracilis)
印太盜目魚(Lestidiops indopacifica)
前鰭盜目魚(Lestidiops jayakari )
偽似魣盜目魚(Lestidiops pseudosphyraenoides)
黑盜目魚(Lestidiops mirabilis)
貪食盜目魚(Lestidiops neles)
太平洋盜目魚(Lestidiops pacificus)
細盜目魚(Lestidiops ringens)
尖嘴盜目魚(Lestidiops similis)
後鰭盜目魚(Lestidiops sphyraenopsis)
似魣盜目魚(Lestidiops sphyrenoides)
裸蜥魚屬(Lestidium)
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大西洋裸蜥魚(Lestidium atlanticum)
比氏裸蜥魚(Lestidium bigelowi)
裸蜥魚(Lestidium nudum)
長裸蜥魚(Lestidium prolixum)
光鱗魚屬(Lestrolepis)
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中間光鱗魚(Lestrolepis intermedia)：又稱光鱗魚。
日本光鱗魚(Lestrolepis japonica)
劉氏光鱗魚(Lestrolepis luetkeni)
大魣蜥魚屬(Macroparalepis)
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安芬大魣蜥魚(Macroparalepis affinis)
短身大魣蜥魚(Macroparalepis brevis)
達納大魣蜥魚(Macroparalepis danae)
約氏大魣蜥魚(Macroparalepis johnfitchi)
長側大魣蜥魚(Macroparalepis longilateralis)
長體大魣蜥魚(Macroparalepis macrogeneion)
淺黑大魣蜥魚(Macroparalepis nigra)
大梭蜥魚屬(Magnisudis)
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大西洋大梭蜥魚(Magnisudis atlantica)
印度大梭蜥魚(Magnisudis indica)
背帶大梭蜥魚(Magnisudis prionosa)
背鱗魚屬(Notolepis)
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南極背鱗魚(Notolepis annulata)
考氏背鱗魚(Notolepis coatsi)
魣蜥魚屬(Paralepis)
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短吻魣蜥魚(Paralepis brevirostris)
北大西洋魣蜥魚(Paralepis coregonoides)
長魣蜥魚(Paralepis elongata)
燦魣蜥魚(Paralepis speciosa)
纖柱魚屬(Stemonosudis)
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布爾纖柱魚(Stemonosudis bullisi)
熱帶纖柱魚(Stemonosudis distans)
尾斑纖柱魚(Stemonosudis elegans)
長身纖柱魚(Stemonosudis elongatus)
尖嘴纖柱魚(Stemonosudis gracilis)
間纖柱魚(Stemonosudis intermedia)
大尾纖柱魚(Stemonosudis macrura)
淺尾纖柱魚(Stemonosudis miscella)
智利纖柱魚(Stemonosudis molesta)
側斑纖柱魚(Stemonosudis rothschildi)
短腹纖柱魚(Stemonosudis siliquiventer)
多帶長裸蜥魚(Stemonosudis multifasciatus) Ho, Russell, Graham & Psomadakis, 2019
後鰭長裸蜥魚(Stemonosudis retrodorsalis) Ho, Russell, Graham & Psomadakis, 2019
柱蜥魚屬(Sudis)
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長胸柱蜥魚(Sudis atrox)
透明柱蜥魚(Sudis hyalina)
鴨嘴蜥魚屬(Uncisudis)
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長臀鴨嘴蜥魚(Uncisudis advena)
長吻鴨嘴蜥魚(Uncisudis longirostra)
後腹鴨嘴蜥魚(Uncisudis posteropelvis)
四斑鴨嘴蜥魚(Uncisudis quadrimaculata)